Prevažná časť futbalistov a futbalistiek SŠŠ Nitra si plní podmienky športovej prípravy vo Futbalovej akadémii FC Nitra, s ktorou škola úzko spolupracuje nielen počas prijímacieho konania na školu, ale i počas celého štúdia. Prijatí na štúdium môžu byť aj hráči, ktorí hrajú nižšie súťaže za kluby v okolí Nitry. Tým škola zabezpečuje dva herné tréningy dopoludnia v priestoroch školy, poobedňajšie tréningy absolvujú vo svojich kluboch.

Futbalová akadémia FC Nitra bola založená v roku 2005 ako prvá svojho druhu na Slovensku. Jej cieľom je predovšetkým budovať kvalitnú mládežnícku základňu a perspektívne zapracovávať mladé futbalové talenty do seniorských mužstiev.

Mladí futbalisti sú pod drobnohľadom kvalitných a skúsených trénerov a pedagógov, ktorí zabezpečujú komplexné a kvalifikované tréningové procesy s využitím moderných trendov na výchovu a rozvoj talentov. Svojou kvalitnou organizáciou a materiálno-technickým zázemím je akadémia FC Nitra jednou z najkvalitnejších v rámci Slovenska.

Dnes ju tvorí viac ako 200 mladých chlapcov a dievčat v 9 kategóriách, pričom FA má zastúpenie vo všetkých najvyšších mládežníckych súťažiach. Počas svojho pôsobenia získali družstvá akadémie 19 slovenských majstrovských titulov, posledným z nich je titul Majstra Slovenska v kategórii U19 v sezóne 2015/2016, vďaka čomu sa prepracovali do prestížnej UEFA YOUTH LEAGUE a zahrali si tak mládežnícku Ligu Majstrov.

​

Športovú prípravu vo Futbalovej akadémii FC Nitra zabezpečujú kvalifikovaní skúsení tréneri, ktorí kladú dôraz i na vzdelávanie žiakov. Tréneri pravidelne komunikujú s učiteľmi svojich zverencov. Tréningy sú v popoludňajších hodinách, navyše v utorok a vo štvrtok sú tréningy aj pred vyučovaním, ktoré v tieto dni začína o 9,45 hod. Vzhľadom na komplexnosť tréningového procesu je možné dohodnúť individuálny študijný plán pre hráčov zaradených do reprezentačných výberov.

​

Všetci futbalisti absolvujú v rámci predmetu Športová príprava dve hodiny telesnej výchovy zameranej na loptové hry, gymnastiku a plávanie, súčasťou týchto hodín sú i kompenzačné cvičenia.